2000년 이전 한국의 총에너지 소비는 지속적인 고도성장과 함께 빠르게 증가하였다. 정부가 물가안정 및 기업의 경쟁력 강화를 위하여 에너지 가격을 낮은 수준으로 유지함에 따라 에너지 다소비 산업구조가 고착되고 에너지 소비는 경제보다 빠르게 증가하였다. 2000년대 들어 경제성장률이 둔화되고 산업구조도 에너지 저소비형으로 점진적으로 전환되는 등의 영향으로 에너지 소비 증가율은 크게 낮아졌다. 에너지원별 소비구조도 석유의 비중이 낮아진 반면 도시가스와 전력의 비중은 높아지는 등 변화를 보이고 있다.

경제 및 에너지 시장 환경의 변화로 정부의 에너지 관련 장기계획도 과거 안정적 공급 중심에서 수요관리 중심으로 변하고 환경과 안정을 강조하는 방향으로 전환되었다. 또한 에너지 정책에 복지가 강화 되기 시작하였다. 전력수급기본계획에서도 안정적 전력공급이 중요하지만 수요관리가 더욱 강화되는 변화를 보이고 있다.
에너지 부문의 재정은 1990년대 후반 에너지 및 자원사업 특별회계가 설치되고 2000년대 들어서는 전력산업 구조개편에 따라 전력산업 기반기금이 설치되면서 본격적으로 기능하게 되었다. 에특회계와 전력기금 사업은 정부의 에너지 계획 변화에 영향을 크게 받는다. 예를 들어 2000년대 중후반 이후에는 에너지자립 기반을 구축한다는 명분하에 해외자원개발사업에 대한 투자가 크게 증가하였으나 2016년에는 300억 원 수준으로 축소되었다. 이처럼 특정 사업에 대한 재정투자가 급변을 보이는 것은 사업에 대한 충분한 분석 없이 정치적인 고려가 우선되고 사업성과에 대한 평가도 제대로 이루어지지 않았기 때문이다. 에너지 분야 사업에 대한 성과지표의 대부분이 단순한 양적 목표달성 여부를 확인하는 정도이어서 환류(feedback)를 통한 개선도 미흡하였던 것으로 판단된다.
에너지재정의 에너지산업 및 경제에 대한 기여에도 불구하고 개선이 필요한 부분도 여전히 존재하고 있다. 특히 정부의 에너지 부문 계획과 재정투자 계획의 일관성 부족을 지적할 수 있다. 에너지기본계획이나 전력수급기본계획은 장기 에너지 정책방향을 제시하는 중요한 계획임에도 불구하고 재정소요 규모나 조달계획 등이 반영되어 있지 않아 실행 가능성을 신뢰하기 어렵다. 전력 수요관리 사업이 대표적이다.
세입이 세출을 크게 초과하는 불균형의 문제도 개선이 필요하다. 세입세출의 불균형은 우선 세출의 합리적 개선을 통한 축소방안을 모색 할 필요가 있다. 세입 목적 및 규모에 상응하는 세출항목을 발굴하고, 에너지 및 자원 부문 정책수요에 따라 새로운 사업영역을 개발하는 등의 노력이 필요하다.
세입 부문에서도 개선이 필요하다. 특히 에특회계의 경우 모든 에너지원에 걸쳐 다양한 사업에 세출이 집행되고 있으나 세입은 특정 에너지원에 집중되어 있다는 문제를 지적할 수 있다. 석유와 천연가스에 만 수입부과금을 부과하는 경우 발전원간 공정경쟁을 제약한다는 점에서 발전용 유연탄에도 수입부과금을 부과하는 방안을 검토할 필요가 있다. 다만 유연탄에 대한 수입부과금을 부과할 경우 에너지원별 부과금 금액을 조정할 필요가 있다. 전력산업기반기금의 경우는 부담금 조정에 신중할 필요가 있다. 에너지원간 상대가격 변화에 따른 소비구조 변화 등에 대한 검토가 선행되어야 할 것이다.
에너지 재정의 효율성과 효과를 제고하기 위해서는 현재의 성과평가 체계를 개선할 필요가 있다. 한 가지 방법은 에너지 분야 정책의 전반을 검토할 수 있는 기구를 통하여 재정사업 자율평가와는 별도로 모든 사업의 성과를 평가하고 그 결과를 다시 사업에 반영하는 체계를 구축하는 것이다. 물론 개관적이고 합리적인 성과지표 개발도 병행 되어야 할 것이다. 한정된 예산으로 재정의 기능을 극대화하기 위해서는 현재 진행되고 있는 재정사업에 대해 정확한 평가가 이루어져야하기 때문이다.
본 연구는 에특회계와 전력기금 재정사업의 문제점을 지적하고 개선방안을 제시하였다. 그러나 본 연구에서 제시한 방안으로 모든 문제가 해결되는 것은 아니다. 시장실패가 있는 경우 정부는 적절한 개입을 통해 자원배분의 효율성을 제고시키고 국민후생을 증진시킬 수 있다. 그러나 시장이 해결할 수 있는데 정부가 개입을 하는 경우 자원배분의 왜곡을 통해 국민경제에 불필요한 비용을 초래할 수도 있다. 따라서 정부는 에너지재정의 문제점을 개선하려는 시도와 함께 시장기능에 의해 문제를 해결하려는 노력을 강화해야 할 것이다.