현재 배출권 시장의 가장 큰 문제점은 배출권 수요에 비해 공급이 부족하여 거래를 통한 감축비용 경감이라는 본래의 목적을 제대로 달성해내지 못한다는데 있다. 그 이유는 배출권 잉여가 발생한 기업들이 미래의 의무이행에 대비하기 위해 대부분 배출권을 이월하려고 하기 때문이다. 아울러 현 상황이 지속될 경우 제1차 계획기간 배출권 최종 정산 시 배출권 공급량 부족, 가격급등, 의도치 않은 의무불이행률 증대 및 그로 인한 막대한 과징금 부담이라는 상황이 발생할 가능성을 배제하기 어렵다.
다음으로 현행 온실가스 배출권의 할당이 과거 기준연도 연평균 배출량에 따라 배분됨에 따라 참여업체들의 온실가스 감축투자 유인을 이끌어내기 어렵다는 것이다. 현재 주어진 감축목표를 초과 달성하여 배출량이 줄어들면 다음 번 배출권 할당 시 불리하게 작용하기 때문에 과거 기준연도 배출량을 기준으로 할당할 경우 기업체들의 감축투자 유인을 왜곡시킬 수 있다. 또한 신·증설 배출량에 관한 할당 규칙이 신·증설 배출량이 상대적으로 많은 업종이나 기업들에게 불리하여 할당의 형평성 확보가 어렵다는 것도 중요한 문제점 중 하나이다.
이러한 문제점을 해결하기 본 연구에서는 몇 가지 정책 대안을 제시하였다. 먼저 배출권 시장 기능 활성화를 위해 잉여배출권의 무제한적인 이월을 제한하고 파생상품거래를 제도적으로 보장하는 방안을 제시하였다. 또한 미국 등 일부 선진국 시장에서 활용하고 있는 위탁경매제도 도입을 통해 시장 유동성을 높이는 방안도 검토해볼 필요가 있다.
이와 함께 참여업체들의 감축투자를 촉진하고 배출권의 할당의 형평성을 확보한다는 차원에서 벤치마크 할당 대상과 범위를 점진적으로 확대해나갈 필요가 있다. 다만, 대기업에 비해 중소기업은 감축잠재량은 높지만 배출 효율이 떨어지는 경향이 있으므로 중소기업의 온실가스 감축투자 촉진을 지원하기 위한 정책이 뒤따라야 한다. 한편, 신증설 설비 배출량을 근거로 배출권을 사전에 할당할 경우에는 해당 설비의 배출량이 조정계수에 영향을 미쳐 업종 간 혹은 업체 간 배출권 할당의 형평성 문제가 제기될 수 있다. 따라서 신증설 설비에 대한 온실가스 배출권 할당은 실제 배출량 확인 후 사후에 할당하는 방식으로 변경하는 것이 바람직할 것이다.